Stefan Brijs werd geboren op 29 december 1969 in Genk (Belgisch-Limburg), waar hij ook jarenlang woonde en naar school ging. In 1990 studeerde hij af als onderwijzer en begon als opvoeder aan zijn vroegere middelbare school te werken. Van 1994 tot 1997 woonde hij in Zonhoven, daarna vestigde hij zich opnieuw in Genk.
Sinds 1999 schrijft Stefan Brijs voltijds – hij had op dat ogenblik drie boeken gepubliceerd en verscheidene essays en recensies geschreven voor de boekenbijlagen van De Morgen en De Standaard. In 2003 verhuisde hij naar het platteland van Koningshooikt, niet ver van het stadje Lier in de provincie Antwerpen. Tien jaar later verruilde hij België voor Malaga, in het diepe zuiden van Spanje, waar hij nog steeds woont.
Stefan Brijs debuteerde bij uitgeverij Atlas (Amsterdam) met De verwording, een magisch-realistische roman die opviel door zijn barokke taal. Een recensent noemde hem toen ‘een groot talent’ en ‘de hoop van de Vlaamse letteren’.
Na zijn debuut zwierf Brijs over Vlaamse begraafplaatsen, op zoek naar de resten van zijn literaire voorgangers, onder wie Gustaaf Vermeersch, Richard Minne, Maurice Gilliams en Karel van de Woestijne. Zijn queesten beschreef hij in Kruistochten, dat in 1998 verscheen. Deze essays kregen een vervolg in de krant De Standaard, waarvoor hij De vergeethoek maakte, een serie literaire portretten van vergeten Vlaamse schrijvers die in maart 2003 werden gebundeld.
In 2000 verscheen Arend, een aangrijpende roman over een misvormde jongen, die op zoek is naar zichzelf, naar begrip en naar liefde en ervan droomt om ooit te kunnen vliegen. Het boek kreeg zowel in Vlaanderen als in Nederland veel lof toegezwaaid. In Het Belang van Limburg werd het ‘een sterke en ontroerende roman’ genoemd, in Knack ‘een literaire prestatie die er mag zijn’. De Volkskrant had het over ‘een wonderschone roman’ en HP/De Tijd over ‘een nieuwe literaire sensatie’.
In de zomer van 2001 was er de publicatie van Villa Keetje Tippel, die veel stof deed opwaaien. In deze monografie wordt de geschiedenis verteld van de schrijfster Neel Doff en haar (intussen gesloopte) villa in Genk, die zij van 1908 tot 1939 elke zomer betrok en die haar inspireerde tot verscheidene werken. Tegelijk verwerkte Stefan Brijs in dit boek ook de geschiedenis van zijn eigen geboorte- en woonplaats Genk, een schilderachtig boerendorpje in de Kempen dat in honderd jaar tijd uitgroeide tot het industriële kunsthart van Belgisch-Limburg.
In de winter van 2001 verscheen Twee levens, een novelle die net als Arend in Vlaanderen en Nederland erg positief werd ontvangen. De Morgen had het over ‘een beklemmend kerstavondrelaas’, in het Parool werd de novelle aangeprezen als ‘een overtuigend verhaal. Heel mooi’ en het Algemeen Dagblad schreef dat het ‘een pracht van een kerstnovelle’ was.
In oktober 2005 verscheen zijn roman De engelenmaker, waarvan de vertaalrechten aan meer dan vijftien landen zijn verkocht, waaronder de VS, Engeland, Frankrijk, Duitsland, Spanje, Rusland en China. Het boek ging intussen in Vlaanderen en Nederland al meer dan 200.000 keer over de toonbank en werd bekroond met de Gouden Uil Prijs van de Lezer 2006, de Vijfjaarlijkse Prijs voor Proza van de Koninklijke Academie voor Nederlandse Taal- en Letterkunde 2006 en door de leesclubs van Vlaanderen en Nederland met de Boek-delenprijs 2007. Ook werd het genomineerd voor de Libris Literatuurprijs 2006 en de AKO Literatuurprijs 2006. In 2010 kreeg de Franse vertaling Le Faiseur d’anges de Prix des Lecteurs Cognac, een jaar later won het boek de Euregio-Schüler-Literaturpreis, toegekend door scholieren uit België, Nederland en Duitsland. In 2019 verscheen de 50ste druk en werd de roman gekozen als het meest gewaardeerde boek op de leeslijst van havo en vwo examenkandidaten.
In oktober 2006 verscheen Korrels in Gods grote zandbak, een essaybundel over de schrijvers van Turnhout, onder wie Jan Renier Snieders, Emiel Fleerackers, Jozef Simons en Ward Hermans. Dit boek schreef Stefan Brijs in opdracht van de stad Turnhout en het Cultuurcentum De Warande.
In oktober 2011 verscheen zijn nieuwe roman: Post voor mevrouw Bromley. Daarvan zijn intussen meer dan 75.000 exemplaren verkocht. Het boek prijkte op de longlist van de Libris Literatuurprijs en de AKO Literatuurprijs. Duitsland en Frankrijk verwierven de vertaalrechten. De Franse vertaling Courrier des tranchées (door Daniel Cunin) werd genomineerd voor de Prix Fémina Étranger.
Samen met beeldend kunstenaar Koenraad Tinel verzamelde hij verhalen in Genk, die werden gebundeld in VertelGenkVertel. Deze samenwerking resulteerde in september 2013 in een nieuw project: Verhalen van het Pajottenland, waarvoor Koenraad verhaal en tekeningen aanleverde en Stefan de tekst schreef.
In 2015 volgde Maan en zon, de ‘grote Antiliaanse roman,’ volgens HP/De Tijd. Onder de titel Taxi Curaçao verscheen het boek in het Duits en in het Frans. De Franse vertaling (door Daniel Cunin) haalde de shortlist van de Prix Fémina Étranger.
In 2017 volgde Andalusisch logboek, een bonte verzameling van aantekeningen en impressies, belevenissen en verhalen over de natuur, de cultuur, de geschiedenis en de mensen in het zuiden van Spanje, waar Brijs sinds 2014 woont. Het boek stond op de shortlist van de Bob den Uyl Prijs voor het beste Nederlandstalige reisboek.
In september 2019 verscheen Brijs’ nieuwe roman Zonder liefde. In maart 2020 publiceerde Editions Héloïse d’Ormesson de Franse vertaling door Daniel Cunin onder de titel L’Année du Chien.
In mei 2020 verscheen Berichten uit de vallei, het vervolg op het alom geprezen Andalusisch logboek. Deze keer concentreert Stefan Brijs zich vier seizoenen lang op de natuur in het zuiden van Spanje.